佛像被毀後的遺址（2005年）
巴米揚大佛前後對照
當伽色尼的马哈茂德在12世紀征服阿富汗時，巴米揚大佛及那些壁畫未有受破壞。其後多年來，一些穆斯林的偶像破壞者損壞了佛像的一些細微部位，主要是面部特徵及雙手。莫卧儿帝国君主奧朗則布曾試圖用炮火摧毀大佛，因為他認為正統伊斯蘭信仰反對任何形式的偶像。
2001年2月26日塔利班领导人穆罕默德·奥马尔下达灭佛令，宣称要毁掉所有的佛像，包括巴米扬大佛。国际社会不断对塔利班发出警告和劝说。联合国教科文组织总干事松浦晃一郎3月1日下午特别召集伊斯兰会议组织的54个成员国的代表召开紧急会议，商讨对策。其時，松浦晃一郎指出：“塔利班当局为了保持伊斯兰教的纯洁性而摧毁包括古代佛像在内的所有雕像的做法是行不通的，这不仅是阿富汗历史的一次倒退，而且也不可能使伊斯兰教取得进步，他们必须马上停止这种破坏文物的行为。”
联合国秘书长安南的特使本德雷利3月1日亲往喀布尔，向塔利班转达了联合国以及成员国对其破坏文化遗产的关切，但塔利班没有向本德雷利作出任何放弃灭佛计划的保证。欧盟轮值主席国瑞典政府3月1日发表声明，对塔利班当局的灭佛决定表示震惊。声明说，阿富汗的文物古迹是具有历史价值的无价之宝，欧盟强烈呼吁塔利班领导层“不要执行这一决定，因为它将使阿富汗人民丧失珍贵的文化遗产”。
一些信奉佛教的国家如尼泊尔、泰国、斯里兰卡等国家对塔利班发出了警告。尼泊尔的外交部发言人阿查里雅3月2日说：“我们强烈谴责塔利班的罪恶行径，并呼吁国际社会联合起来，保护佛教文物。”印度、俄罗斯等国也对塔利班进行了谴责。作为塔利班少数几个支持者之一的信奉伊斯兰教的巴基斯坦也于3月1日表示不赞同塔利班的做法，呼吁阿富汗塔利班政府表现出容忍精神，并在这方面尊重国际感情。信奉伊斯兰教的埃及政府发言人也表示，塔利班的行为违背了伊斯兰教的宗旨，“伊斯兰教尊重其他文化，即使某些文化的礼节与伊斯兰法有所冲突。”
尽管如此，塔利班在动用大炮、坦克后，發現雕像比想像中還堅固，最终于3月12日用炸药徹底将大佛炸毁。在大佛被毁前，探索频道的摄影记者大卫·亚当斯（英语：David Adams (photojournalist)），在此地拍摄了探险旅行（英语：adventure travel）类纪录片《地球行脚》中的一集[2]，成了大佛最后的影像。
雖然兩尊大佛的外型已幾乎全毀，但其大約輪廓及一些特徵仍可在山崖凹入處被辨識，遊人仍可探索那些僧侶住過的洞穴及連接它們的通道。